故事发生在战国时代出生于三流贫穷忍者之家的少年乱太郎加藤清史郎饰肩负着父母的期望进入了一流忍者学校忍术学园学习该学园最早由天才忍者大川平次涡正平干二朗饰创立如今他虽年事已高却仍然武功高超而且搞怪不断他更带领忍者学园与死对头稗田八方斋松方弘树饰展开了连番激斗忍术学园的学生们被称为忍者之蛋简称忍蛋乱太郎被编入一年叶组一年は组在此他结识了富商之子新兵卫木村风太饰和父母双双阵亡的雾丸林辽威饰三个小家伙结成了情深意笃的三人组从此开始了他们充满补习重考和各种失败的快乐学校生活　某一天四年叶组出身于理发世家的齐藤鹰丸沟口琢矢饰和父亲齐藤幸隆鹿贺丈史饰在家中遭到刺客万寿鸟竹中直人饰土寿鸟石垣佑磨饰的袭击原来齐藤父子曾是八方斋麾下毒竹忍者队的成员虽然早已脱离了这个邪恶的组织但是忍者队还是紧追不舍誓要取齐藤父子的性命在这危急关头园长和八方斋约定了一场对决只要忍术学园能够冲入毒竹山敲响打鸣寺的大钟忍者队就彻底放弃齐藤父子正所谓初生牛犊不怕虎一年级的小忍蛋们在高年级生的支持下决定挑战这个困难而危险的对决一方是初入学园的新生一方是拥有丰富实战经验的专业忍者乱太郎他们能否取得最后的胜利呢