柯南和小五郎等拉着大队来到位于太平洋中的美丽小岛神海岛度假这座岛屿自古流传着关于沉没于海底的古代遗迹海底宫殿及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说小兰和园子不惧流传在海底宫殿附近潜水时意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人不料其中一人突然遭鲨鱼攻击不幸身亡小兰和园子幸运逃难柯南见那位猎人死状诡异与灰原一起展开调查柯南认为猎人之死跟宝藏传说有着很大的关系他试图解开背后原因海底宫殿的谜题一直系绕在他的脑海中他找到了一组神秘名词JollyRoger后猎人却突然现身并偷走了原来发现的宝藏小兰和园子落在猎人的魔掌之中性命危在旦夕隐藏于传说中的讯息是什么海底宫殿有什么秘密穿越300年时光的暗号柯南誓要逐步解开谜题