在正在旅行的小智一行人面前突然出现了一个笼罩着白烟的庞然大物从天而降落在他们的面前落下的震荡和冲击导致四周一片混沌在白烟和尘土中出现的是一个巨大的身影正是梦幻之神奇宝贝ボルケニオン在远离人烟的浓雾高原上和被人类伤害过的神奇宝贝们共同生活的ボルケニオン实际上非常讨厌人类无视小智一行人匆忙离去的ボルケニオン立即准备离开但从天而降的冲击使奇妙的装置把它和小智粘在一起两位无法分开束手无策的ボルケニオン只好拖著小智继续跑去在另一个地方巨大的齿轮在四面八方持续转动着超级机械都市水银王国的大臣贾维斯获得了长年索求的究极发明这就是500年前在王国诞生却早已失踪的由人制造的神奇宝贝—マギアナ和在マギアナ身体内潜藏的名为灵魂之心的未知力量贾维斯想要利用这个力量支配王国ボルケニオン想要把在浓雾高原被带走的マギアナ抢回来叫道果然人类罪不可恕最终时刻紧紧相连的ボルケニオン和小智究竟是否能够合力救出マギアナ吗紧接着潜藏在灵魂之心中的真正力量是什么就是现在神奇宝贝史上最炽热的战斗即将开始