蓝宝石之谜是由Gainax出品根据儒勒凡尔纳的巨著海底两万里改编的39集动画片本作品内涵不仅深厚而且丰富人生观价值观世界观爱情观战争与和平科学的价值等等均一一涵盖叙述发生于1889年巴黎世界博览会在埃菲尔铁塔上相遇的两人和一只─拥有神秘蓝宝石的马戏团少女娜迪亚爱好飞机和发明的少年约翰以及娜迪亚的好友小狮子小狮王的故事娜迪亚和约翰从觊觎她所持宝石的葛兰蒂斯一行人逃跑并开始了寻找娜迪亚的寻找故乡之旅途中他们巧遇邪恶组织尼奥亚特兰帝国或译新亚特兰帝国的总统卡格伊所占据的岛屿上幸存的少女玛莉但是娜迪亚玛莉和小狮王被卡格伊拐走为了拯救他们约翰和葛兰蒂斯三人组联手并且和万能潜水艇鹦鹉螺号及尼莫船长等人相遇最终还被卷入了和卡格伊的战斗本作品的主要构成是以传说中的拥有超古代文明的大陆帝国─亚特兰蒂斯帝国为主轴第一部为鹦鹉螺号和尼奥亚特兰双方使用从前亚特兰蒂斯人所造之先进机械来进行海底及空中战争但第二部为无人岛悠闲生活的故事和在非洲发生的趣事第三部仿佛宇宙战舰大和号般的新鹦鹉螺号和尼奥亚特兰的宇宙战争