在很久很久以前還沒有精靈球的時代有一場神奇寶貝大戰勇者亞朗和他的神奇寶貝路卡利歐為了阻止大戰藉著波導的力量努力讓戰爭平息人們也因此稱亞朗為「波導的勇者」百年之後小智和皮卡丘一行人來到歐魯德朗城參加為了讚頌勇者亞朗而舉行的寶可夢對戰和慶典小智在對戰中贏得了勝利被封上「波導的勇者」的稱號並獲得在祭典時拿著「勇者之杖」化身勇者的權利就在舉行盛大的慶典之時被封印在「勇者之杖」中的神奇寶貝路卡利歐竟然在小智的眼前甦醒並說出百年前亞朗棄城潛逃的秘密另一方面奇幻的神奇寶貝「夢幻」突然現身並且帶走皮卡丘和喵喵小智為了尋找皮卡丘在路卡利歐的帶路下向「世界初始之樹」前進在神祕的「世界初始之樹」下究竟隱藏著什麼謎團皮卡丘被夢幻帶到哪裡去了傳說中的勇者亞朗和路卡利歐「波導傳說」的秘密到底是什麼